Enligt 3 kap i miljöbalken skall områden som är av riksintresse för naturvården och friluftslivet skyddas mot åtgärder som påtagligt kan skada riksintresset.

Följande tre områden i Södertälje kommun anses vara av riksintresse för friluftslivet enligt Naturvårdsverkets beslut från 1988:

STOCKHOLMS SKÄRGÅRD, YTTRE DELEN
Detta skärgårdsområde som utgör ett mycket stort skärgårdsområde, cirka 380 000 ha, sträcker sig från Norrtälje kommun i norr till Södertälje i söder. Området intar som helhet en särställning i länets natur. Det största värdet för friluftslivet ligger i den goda tillgången på naturhamnar och de mycket höga naturvärdena. Ytterskärgårdens mosaik av öar, kobbar och skär ger praktiskt taget outtömliga möjligheter för båtlivet men även för fiske, kanoting och naturstudier. Vintertid ges vid gynnsamma isförhållanden unika möjligheter till långfärdsåkning på skridskor.

TULLGARN
Tullgarn utgör ett högintressant område för friluftslivet. På grund av områdets mycket höga naturvärden ges utsökta möjligheter till positiva upplevelser och naturstudier i samband med friluftsliv.

BJÖRKFJÄRDEN - PRÄSTFJÄRDENS ÖVÄRLD
Detta stora Mälarskärgårdsområde, cirka 21 000 ha, berör förutom Södertälje kommun även kommunerna Upplands-Bro och Ekerö. Området utgörs av ett omväxlande natur- och kulturlandskap, som erbjuder rika tillfällen till natur- och kulturstudier. Området medger även goda möjligheter till fritidsfiske och bär- och svampplockning. Tillgången till platser för bad vid olika stränder är god liksom möjligheterna till båtsport och kanoting tack vare lättnavigerade vatten och goda naturhamnar. Fjärdarna räknas till landets finaste områden för skridskofärder.

Följande fem områden i Södertälje kommun anses vara av riksintresse för naturvården enligt Naturvårdsverkets beslut från 2000:

STOCKHOLMS SKÄRGÅRD; LÅNGÖ - FIFÅNG - SÖDRA TORÖ - JÄRFLOTTA
Stockholms skärgård utgör ett världsunikt landskap med utomordentligt stora värden. Skärgårdslandskapet omfattar mer än 30 000 öar och präglas av vackert slipade granit-/gnejsklippor, en sparsam men intressant växtlighet, ett rikt fågelliv samt värdefulla brackvattenmiljöer. Skärgårdsområdet är en övergångszon till högre salthalt söderut och utgör nordligast utbredningsområde för ett antal marina arter. Variation av exponering och hydrografi inom området ger stor variation i artförekomst /artsammansättning - mångsidighet. Genom områdets orördhet och vidsträckta areal utgör det ett viktigt referensområde. Utskärgården bär spår av gammal kulturpåverkan. Området har utomordentligt stora värden och är intensivt utnyttjat av det båtburna friluftslivet.
Fågellivet präglas av dykänder och måsfåglar, med ejdern som karaktärsfågel. Skärgården utgör landets starkaste fästen för havsörn.

TULLGARN - MÖRKÖ
Området som helhet representerar ett odlingslandskap med lång kontinuitet med förekomster av naturbetesmarker och ängsmarker. Norra Mörkö och Tullgarn är exempel på kustnära, kompletta herrgårdslandskap av högsta klass. Stora havsstrandängar är utmärkande. På södra Mörkö finns ett småskaligt odlingslandskap med ålderdomlig struktur. Många av de naturliga fodermarkerna hyser artrika växtsamhällen.
Tullgarnsområdet har en varierande natur. Området kännetecknas av en rik förekomst av lövträd, där de ädla lövträden utgör ett markant inslag. Inom området finns marker av särskilt botaniskt intresse. Fågelfaunans rikedom är påfallande. Området är av särskild betydelse för rastande vadare, änder och grågäss.
På Mörkö finns länets största ansamling av högt värderade naturbetesmarker. Kring Hörningsholm utbreder sig ett typiskt herrgårdslandskap med alléer, ekhagar och havsstrandängar av högsta värde. I området finns skyddsvärd lav- och svampflora knuten till ek. Hörningsholms varierade miljöer utgör också en av länets rikaste fladdermuslokaler. Kålsö utgör också ett av länets rikaste lokaler för sällsynta epifytiska lavar. Vegetationshistorien på Kålsö och Eriksö har varit föremål för vetenskaplig beskrivning.
I de grunda strandnära vattnen i området finns artrika kransalgängar med flera rödlistade arter. De värdefullaste områdena är Häggnäsviken vid Tullgarn och Björkarösund mellan Mörkö och Ledarön. Grundområdena är också viktiga fortplantnings- och uppväxtområden för flera fiskarter, främst sötvattensarter. Bland annat är området viktigt för gös.

YNGERNOMRÅDET
Yngern, Stora Envättern och Hundsjön är av högsta värde från limnologisk synpunkt. Sjöarnas goda vattenkvalitet samt områdets storlek, variation och ostördhet utgör stora naturvärden. Sjöarna har också viktiga förutsättningar för ett rikt växt- och djurliv. Området hyser bl a goda bestånd av storlom och fiskgjuse. Yngerns stora värde för fågellivet har varit stabilt under lång tid. Sjön har även en mycket artrik fisk- och bottenfauna. Förutom vanliga insjöfiskar förekommer bl a nissöga, småspigg, nors och lake. Bottenfaunan innehåller många sällsynta och rödlistade arter, varav många har höga krav på god vattenkvalitet. Turingeåsen mellan Yngern och Vällingen är av mycket högt geovetenskapligt värde som orört grusområde med åsnät, kullar och dödisgropar.par.

VATTGRUVSMOSSEN
Myrkomplex dominerat av skvattramtallmosse och öppen mosse. Den öppna mossen är den största relativt opåverkade i Svealands sprickdalslandskap. Våtmarken rymmer även stora mjukmattehöljor, vilket är sällsynt i regionen. Myrkomplexet hyser en för fattiga myrar representativ flora.

KORPBERGET
Områdets botaniska värden utgörs av ädellövskogen i allmänhet och Korpberget - Lindängen med sin "sydväxtbergsflora" i synnerhet. Söderläget, den kalkhaltiga jorden samt kontinuiteten i markanvändningen är viktiga faktorer som gynnar den speciella floran. Murgrönan har här en av sina sällsynta reliktförekomster.
Området är väldokumenterat och har stor betydelse som exkursionslokal för skolor, botaniska föreningar m. fl. och som utflyktsmål för rörligt friluftsliv.

Biotopskyddsområden

Biotopskyddsområden är en skyddsform som syftar till att skydda mindre områden som hyser eller förväntas hysa hotade djur- och växtarter. För vissa naturmiljöer gäller ett generellt biotopskydd enligt miljöbalken, exempelvis för alléer, stenmurar, märgelgravar och mindre åkerholmar. När det gäller skogsmiljöer är det Skogsvårdsstyrelsen som avgränsar och beslutar om biotopskydd. Normalt skyddas bara sådana skogspartier som är mindre än 5 ha. För större skogsområden får man lov att bilda naturreservat. I Södertälje kommun har Skogsvårdsstyrelsen skyddat 21 områden som biotopskyddsområden fram till juni 2003.

Biotopskyddsområden i Södertälje kommun:

Område Biotoptyp Areal i ha Beslutsår
Tvetaberg Urskogsartat barrskogsbestånd 4,6 1994
Kiholm Urskogsartat barrskogsbestånd 4,0 1997
Bränninge Urskogsartat barrskogsbestånd 4,0 1997
Skabro Äldre naturskogsartat lövbestånd 3,7 1997
Kumla & Römora Urskogsartat barrskogsbestånd 2,2 1998
Talby, 3 områden Åsgranskog 4,2 1998
Ras- och bergbrant i skog 1,1 1999
Ras- och bergbrant i skog 0,7 1999
Kvedesta Äldre sandskog 4,8 2000
Ytterenhörna-Tuna
och Väsby
Ras-och bergbrant i skog 4,2 2001
Östersättra Äldre naturskogsartad skog 4,2 2001
Vrå nr 1 Ras-eller bergbrant i skog 5,7 2001
Vrå nr 2 Ras-eller bergbrant i skog 2,1 2001
Vrå nr 3 Äldre naturskogsartad skog 7,3 2001
Horn Äldre naturskogsartad skog 2,2 2001
Hälleby Äldre naturskogsartad skog 3,8 2001
Molstaberg 1:5 Äldre naturskogsartad skog 3,1 2002
Hörningsholm s:1 Äldre naturskogsartad skog 1,3 2002
Hölö-Kjulsta 4:4 Kalkmarksskog 4,2 2002
Hörningsholm 2:1 Äldre naturskogsartad skog 3,6 2002
Hjortsberga Ravinskog 2,4 2003
Överenhörna-Ekensberg Markområde med mycket gamla träd 1,9 2003

Mark- och vattenföroreningar

Följande markområden anses som mycket förorenade i kommunen:

Oxelgrenshagen/Weda/Moraberg: Stort antal företag, de flesta små och medelstora. Nu bl a verkstadsindustri, grafisk industri, varmförzinkning, annan ytbehandling, lackering, fordonsverkstäder mm. Frekvent observerade föroreningar i dagvattnet, bl a olja, starkt färgade utsläpp, skumbildande substanser m.m.

Scania industriområde: Tidigare plats för avfallsdeponering, både industri- och hushållsavfall från Södertälje stad, under perioden ca 1885-1950-talet. Scanias verksamhet omfattar tillverkning, ytbehandling, gjutning och bearbetning.

Uthamnen: Det har pågått tung industriverksamhet under många decennier i området. Troligen finns det stora föroreningar i området.

Södra Uthamnen: Se text ovan om Uthamnen.

Oljehamnen: Spill från på- och avlastning av bensin, råolja mm.

Sydhamnen: Utfyllnadsmassor i hamnområdet, som innehåller höga halter kvicksilver.

AstraZeneca/Storgatan: Föroreningar av PAH.

Hall: Ett mindre område är förorenat med stora mängder arsenik.

Igelstatomten: Området är noga undersökt. Tungmetaller som arsenik, koppar, krom och små mängder pentaklorfenol har hittats i marken.

Industrin: Industriområde i Järna där det finns mekaniska verkstäder. Tidigare fanns en kemisk/teknisk fabrik som förorenade i området.

Området vid Snorp mellan Järna och Mölnbo: Området är egentligen inte förorenat men ett militärförråd har sprängts för många år sedan och det kan finnas rester av explosivt material i marken. Området är därför skyltat med varningar för detta.

Nedlagda soptippar:

Halltippen: Industri och hushållsavfall. Tippning av förorenade massor från Igelstatomten innehållande arsenik har förekommit vid några tillfällen.

Billstatippen utanför Järna: Aska från tidigare sopförbränning och därefter bilskrot.

Valåkertippen söder om Hölö: Hushållssopor.

Förorenade vattenområden:

Bottnar med höga eller måttligt höga metallföroreningar klassas som förorenade. Följande sjöbottnar i kommunen anses som förorenade:

Lilla Måsnaren: Svårt förorenad av näringsämnen och metaller. Utsläppen kommer via vattentillflödet vid Vasa pumpstation.

Södertälje kanal, (mellan Linanäs och Hallfjärden): Metallföroreningar i ytsedimentet. Södertälje kanal är främst förorenad av kvicksilver.

Torpaviken: Viken är avrinningsområde för Scania industriområde, där det tidigare bl.a. låg två soptippar, Strömtippen och Bollshage. Vikens ytsediment är förorenat med tungmetaller.

Funktioner: