Södertälje kommun är rikt på sjöar och vattendrag. En del av Mälaren ligger i Södertälje kommun.
Genom Södertälje kanal står Mälaren i kontakt med Stockholms skärgård som till viss del ligger i Södertälje kommun.
Av kommunens totala area utgör 25 % vatten med ca 100 sjöar som ger förutsättningar för en rik fauna och flora samt för bad och friluftsliv.
Största miljöproblemet för Södertäljes sjöar och vattendrag är övergödning.
